自助建站的弊病有以下幾點：
　　 1、最大的問題當屬不能直觀修改代碼，模板建站會產生冗長的垃圾代碼，而且每個頁面的代碼又極為相似，網站的內容不容易在網絡上散布，只能改變內容，框架沒法動，建不出個性化的網站，這樣很不利于Google、Yahoo、Baidu等搜索引擎搜索，對于網站推廣極為不利。
　　 2、網站風格千篇一律，似曾相識；很難樹立提高企業形象，也許你打開的網站有幾百幾千個跟你一樣，確定是讓人不舒服。
　　 3、很多自助建站是公用的空間及數據庫，安全性無法保證，根本沒有什么表結構，也無法看到數據庫表，直接跟空間綁定在一起的，不能獨立出來。
　　 4、對于今后網站功能擴展，無法支持，所有東西都是做定了的，根本無法預留接口，從而讓以后來擴展它。
　　 5、如果是幾頁的小規模網站，自己動手添加信息還可以，如果網站內容較多，產品種類繁多，一頁頁添加是一件很煩心的事情，做過的人大都深有體會，不能智能化的增加，不能完全實現數據庫開發所要實現的東西。
自助建站模式的缺點在于：
　　 1、所建網站缺乏個性且功能簡單
大多數自助建站工具將建站的快慢作為衡量標準，提出了"一分鐘建站"的口號。一分鐘建好一個網站，在技術上并不困難，但用戶不禁會問：一分鐘建好的網站好看嗎？風格有個性嗎？網站好用嗎？功能強大嗎？
　　 2、不能自由地移植用戶網站
由于建站、管理和維護工作必須在服務商的網站上完成，因此用戶的網站也被捆綁在該公司的服務器上，用戶網站不能自由地移植，限制了用戶自由選擇的權利。
　　 3、不能靈活地擴展網站功能
自助建站工具的功能模塊是固定提供的，用戶不能對其進行剪裁、或設置、或組合，更談不上對其進行二次開發，或自由地導入自己開發的網站功能模塊。
　　 4、不能隨意地編輯網頁模板
對于選用的網站模板，用戶無法對其進行獨立、隨意地編輯，更不能導入自定義的模板，利用這樣的技術制作網站，往往是一個呆板而雷同的網站，難以讓人接受。